Le basilic poupre s'utilise principalement cru, car son parfum poivré comme le gingembre, s'estompe à la cuisson. Il convient particulièrement bien avec les salades, les tomates crues, les pâtes, les crustacés, les poissons de mer comme le rouget, les oeufs, les omelettes, la volailles comme le poulet, le canard et les sauces au thym ou à l'huile d'olive et même dans les sorbets. Les recettes les plus utilisées en cuisine méditerranéenne sont le pesto, un mélange pilé de basilic, d'huile d'olive, de pignons, d'ail additionné de parmesan et le pistou recette proche du pesto sans le parmesan qu'on ajoute à la soupe de légumes aux haricots, dans les pâtes, ou avec les beignets de courgettes et d'aubergines. Le basilic poupre est utilisable comme colorant alimentaire.